Phan Bội Châu vốn tên là Phan Văn San (潘文珊).[1] Vì San trùng với tên húy vua Duy Tân (Vĩnh San) nên phải đổi thành Phan Bội Châu.[2] Hai chữ "Bội Châu" (佩珠) trong tên của ông lấy từ câu: "城中蛾眉女珠佩何珊珊 [Thành trung nga mi nữ châu bội hà san san]."[3]

Ông có hiệu là Hải Thụ, về sau đổi là Sào Nam. Tên gọi Sào Nam (巢南) được lấy từ câu "越鳥巢南枝 [Việt điểu sào nam chi nghĩa là Chim Việt làm tổ cành Nam]."[3] Phan Bội Châu còn có nhiều biệt hiệu và bút danh khác như Thị Hán (是漢), Phan Giải San, Sào Nam Tử, Hạo Sinh, Hiếu Hán vân vân.[4]